《巨龙觉醒》的剧情依旧是从毒株的母树开始。
之前的剧情是以杀死寄生在母株上用自己的血肉滋养母株的变异魔蛛而结束。
玩家从熔岩树窟里出来，回到地面就可以进入城镇进行副本和地图玩法了。
因为这颗母株失去了生长的条件，这给卡瓦特拉大陆带来短暂的平静。
但很快，人们发现了新的问题。
很多的动物无端的死去，没有伤口也没有中毒，只是像是突然被抽走了生机停止了呼吸。
人们一开始以为是一种动物才会感染的瘟疫。
但母株带来的恐惧依旧没消失，便有一群勇者背上行囊，重新进了熔岩树窟，想要用办法彻底毁掉母株的根基。
可是这群人却一去不复返。
玩家这次进入新手村，就听到村长说起了这件事。
并且希望他们可以去寻找那些勇者的踪迹。
从的的时候他们就进入了之前剧情的终章boss房。
但这一次他们在熔岩树窟里遇到的不是boss，而是一颗蛋。
在《黑暗宇宙》的故事背景里。
龙是有正义与邪恶之分的。
他们不受神族的控制，是所有兽类的主宰。
得到龙的庇佑，甚至可以得到不死的灵魂。
《巨龙觉醒》沿用了这个设定。
这枚蛋就是龙蛋，而在这颗白色的龙蛋上，开始有了暗红色的半点，这是龙邪恶化的象征。
龙蛋吸收了母株的能量，让这颗母株彻底消失了。
但危险的是，吸收了母株能量的龙蛋如果继续邪恶化下去，当龙蛋孵化出龙的时候，邪恶之龙将会摧毁大地上的大部分生灵。
他们将没有反抗的余地。
所以玩家接下来的任务，就是围绕如何净化龙蛋。
并且与企图争夺龙蛋，用阴魂之力催生出恶龙，并计划一次来再一次统治地面的帝国鬼魂展开了战斗。
大帝等人再一次出现在了boss的阵营里。
当然剧情最终一定玩家成功过的净化了龙蛋，并且在巨龙的协助下击退了大帝的亡灵大军。
在这个版本的剧情结局里，大帝只是出现说了一句：“我永远不会放弃属于我的帝国！
阻碍帝国复苏的人，都要付出生命的代价！
！”
然后就退回了阴魂之地。
很显然，再往后的剧情，还得是从大帝那边引起的。
因为剧情的连贯，和巨龙的炫酷效果。
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